Juan Carlos Mendoza García es hijo de Rolando Mendoza Hernández y Nelly García Murillo. De don Rolando, uno de los primeros biólogos conservacionistas de Costa Rica, heredó la pasión por la naturaleza, por la conservación y la educación ambiental. Con doña Nelly, profesora universitaria de Literatura, encontró la posibilidad de leer y entender el mundo por medio de sus letras y de sus artistas. Carmen Lyra, Carlos Luis Fallas, Milan Kundera, Herman Hesse, Gabriel García Márquez, Julio Cortázar, Franz Kafka, Miguel Ángel Asturias, entre muchos otros, fueron parte de una formación humanista y preocupada por la realidad de Costa Rica y el mundo.

De ambos aprendió de política. Una visión de política integral y cercana a la gente, de la que empodera a las personas para asumir el destino en sus manos.

A los 20 años viajó a Suiza y Alemania para participar en diferentes programas de voluntariado.
Estudió Ciencias Políticas en la Universidad de Costa Rica, donde se vinculó con el movimiento estudiantil como integrante del grupo Gente U. Entonces, como la mayoría de los jóvenes de esta generación, era un desencantado y un fuerte crítico de los partidos políticos.

En 1999 ingresó a la Defensoría de los Habitantes, a trabajar en el departamento de admisibilidad. Además de desarrollar un fuerte vínculo con la ciudadanía y sus legítimas aspiraciones, durante ese periodo profundizó su convicción en la obligación del Estado de garantizar oportunidades de forma eficiente, y la responsabilidad de las y los ciudadanos de organizarse para incidir en las decisiones que les afectan y hacer efectivos los derechos humanos.

En el año 2001 nace el Partido Acción Ciudadana. Juan Carlos Mendoza encontró en el Partido la expresión de una visión de Estado y del ejercicio de la función pública que coincidía con sus ideales que hasta ese momento no encontraban espacio político partidario para expresarse. Desde entonces ha participado activamente en las estructuras y discusiones partidarias.

Empezó a trabajar en la Asamblea Legislativa como asesor, primero de Rodrigo Alberto Carazo (2002-2006) y después de Leda Zamora (2006-2010). Durante ambos periodos se especializó en control político, control de presupuestos públicos y la defensa y fortalecimiento de las instituciones necesarias para generar oportunidades.

Es electo Diputado de la República en febrero de 2010. Ha integrado las comisiones de Asuntos Económicos, Relaciones Internacionales y Comercio Exterior, Derechos Humanos y Electricidad.

Su experiencia legislativa y vocación de diálogo lo convierten en la figura idónea para dirigir la Fracción Legislativa durante el primer año. Asumió con coherencia y unidad retos como articular el rechazo al intento de un aumento de salario para diputados apenas iniciando la gestión, la lucha por la defensa del agua y el inicio del trámite de los proyectos que buscan modificar el modelo eléctrico nacional.

Durante ese año los partidos de oposición unieron esfuerzos en diversos temas de control político, y para enfrentar la arbitrariedad y concentración de poder con que se manejaba el Directorio Legislativo. Esta unión dio origen a la denominada Alianza por Costa Rica.

El 2 de mayo de 2011 Juan Carlos Mendoza fue electo Presidente de la Asamblea Legislativa, con el apoyo de 31 diputados y diputadas de cinco partidos políticos. Su gestión estuvo marcada por una política de puertas abiertas, que permitió a las organizaciones sociales y productivas participar en la definición de acuerdos en temas relevantes para el desarrollo nacional. También despolitizó y mejoró la administración, generando ahorros sin precedentes en las finanzas legislativas.

Como diputado también se ha preocupado por temas relativos al sistema político costarricense, al resguardo del patrimonio arquitectónico nacional, la construcción de acuerdos nacionales en temas como seguridad, mejora regulatoria y pueblos indígenas.